舰船操作是核心玩法之一，玩家可以通过蓝图研究、资源采集和战斗升级来解锁并驾驶各类舰船。游戏中的舰船分为资源采集型（如工程船）和战斗型（如护卫舰、巡洋舰等），每艘舰船均可通过技术点强化性能，包括动力、武器系统和防御模块。开船的前提是完成基地建设任务并解锁对应舰船的蓝图，初期建议优先发展工程船以保障资源供给，再逐步组建战斗舰队。
舰船的操作主要通过计划圈系统实现，玩家需在地图上划定行动范围才能调动舰队。工程船可自动采集资源，而战斗舰船需手动部署至目标区域参与作战。舰队的移动速度由编队中最慢的舰船决定，因此混编高速与低速舰船会影响整体机动性。合理搭配舰船类型（如前排防御型与后排输出型）是提升战斗效率的关键，同时需注意舰船属性中的火力克制关系，例如防空舰优先针对战机单位。
游戏中的舰船加点系统直接影响实战表现。战斗舰船建议优先强化冷却缩减和伤害提升模块，前排防御型舰船则侧重护甲与能量抗性。工程船的加点策略以采集速度和仓储容量为主，中期可补充曲率引擎技术以提高远距离采矿效率。部分高级舰船（如战列巡洋舰或航母）需要通过赛季协议或特殊活动获取，其指挥值消耗较高，需提前规划基地升级路径以解锁足够的人口上限。
PVP与PVE场景下的开船策略差异显著。对抗玩家时需注重舰队隐蔽性和突袭战术，例如利用高速护卫舰包夹敌方后排；而攻打NPC据点则需配置攻城特化舰船（如雷利亚特级）。游戏后期可通过增援系统突破指挥值限制，将战巡或航母加入编队，但需注意增援会导致舰队丧失曲速航行能力。采矿平台和前哨站的建造能优化资源调度，减少舰船往返时间。
无尽的拉格朗日的舰船操作兼具策略深度与自由度，从基础驾驶到高阶战术均需结合资源管理、科技研发和实时战局调整。玩家可通过持续优化舰船配置与编队逻辑，逐步掌握星际开拓的主动权。
