迷失岛2第六部分攻略中的隐藏地图主要集中在神庙场景和火箭场景，这些区域需要玩家通过解谜或特定道具触发。神庙的隐藏区域通常与古代祭祀仪式相关，而火箭场景则涉及外星科技的秘密空间。要进入这些区域，玩家必须收集散落在各处的蓝色石块、符石等关键道具，并正确解读环境中的符号线索。部分隐藏地图的开启方式具有随机性，每次游戏生成的密码或机关排列可能不同。
在神庙区域，玩家需要通过石像眼珠的排列组合解锁密室通道。这里存在一个被尘封的墙壁机关，需要将石块移动到对应颜色的位置才能激活。成功解谜后，密室内会出现大胡子祭祀NPC，与之对话可获得曼陀罗花和关于蜣螂花纹的重要提示。二楼隐藏区域则需要用拼图块填满石台图案，触发圣水机关的升起。此过程中，玩家需注意挖掘地面可能埋藏的双箭头道具和蓝色三角石块。
一楼能量舱需要后期获得的蓝色能量块激活，二楼冷冻舱解救的NPC会透露燃料短缺的关键信息。最核心的隐藏机关在三楼炼金阵，玩家需按照外星人壁画提示摆放羽、角、骨、花、贝五种物品，使符石转化为金色能量晶体。这个过程中，墙壁上水滴位置对应的钟表指针方向需要被准确记录，其规律与神庙石像的眼珠朝向存在关联。
时间穿越机制是连接隐藏地图的重要纽带。玩家在古代获得的种子需要在现代培育成大树，才能攀爬进入火箭区域；而将金色符石带回古代神庙密室，又会触发能量块形态转换。这种时空交互设计使得部分隐藏区域必须通过多次穿越才能完全探索。特别石阵三角块的正确摆放会召唤出神秘光头人物，其对话暗示着更庞大的隐藏剧情线。
隐藏地图中的道具收集具有严格顺序性。比如必须先用工厂获得的绿色药水复活外星人，才能得到物品组合提示；而船舱底部的鱼骨必须通过研究人员的大刀获取。这些道具环环相扣，任何遗漏都会导致隐藏机关无法激活。建议玩家对所有NPC进行多次对话，并仔细检查每个场景的可互动元素，包括可破坏的罐子、可挖掘的地面等。
最终阶段的隐藏内容集中在火箭发射准备环节。玩家需要将五个时空收集的关键物品放入驾驶室控制台，并根据神庙石像记录的密码调整设置。这个过程中，蓝色能量块的投放位置和时间轨迹的选择会影响结局呈现。二周目会新增红珠子相关机关，使得原本普通的罐子也可能成为隐藏区域的入口。
