稀有精灵的分布与特定地点和条件密切相关。三神鸟作为经典传说宝可梦，火焰鸟固定刷新在1号岛灯火山顶，闪电鸟藏于无人发电厂最深处，急冻鸟则需在双子岛通过推岩石堵住瀑布才能触发遭遇。超梦位于华蓝洞最深处，需集齐8枚徽章并完成七岛剧情后解锁。梦幻在原版中仅能通过官方配信获得，而改版可能在红莲岛建筑物内出现。洛奇亚出现在3号岛右侧捉土龙的草丛，凤王栖息于1号岛下方草丛，雪拉比则分布在3号岛左侧森林中。岩神柱、冰神柱和钢神柱分别位于1号岛上方草地、双子岛滑冰场及无人发电站附近。
部分稀有精灵需满足特殊条件方可遭遇。例如卡比兽会随机阻挡道路，需用宝可梦笛子唤醒；迷你龙仅在野生原野区使用超级钓竿才有概率钓到；伊布需从彩虹大厦后门进入顶层获取。水箭龟、火恐龙等初始精灵进化形态需在获得特定徽章后，于乔伊特河、火之鸟石等地点触发。红水督和蓝水督出现在7号岛最下方海域，而古拉顿隐藏在1号岛火焰山地下。386改版会调整部分精灵出现概率，例如杰尼龟可能在真新镇下方草丛或紫堇市水域更易捕获。
探索洞穴与特殊建筑是获取稀有精灵的重要途径。幽灵塔顶楼可遭遇吉拉奇，超梦山洞深处除超梦外还存在顽皮弹、勇吉拉等特殊精灵。无人发电站除闪电鸟外还能遇到小磁怪和雷电球，火焰山地下则栖息着古拉怪。月见山是获取皮皮和化石盔的关键区域，而冠军之路隐藏着火焰鸟与豪力等高等级精灵。红莲岛研究所内可能刷新六尾，岩山隧道需使用闪光术探索，其中可习得山崩地裂等特殊技能。
图鉴收集进度直接影响稀有精灵的获取效率。当收服10种宝可梦时，博士助手会赠送HM05闪光术；收集50种后可在特定NPC处获得学习装置。完成全国图鉴后返回彩虹大厦三楼，可领取荣誉证书。部分精灵如乘龙、3D龙需要通过游戏厅代币兑换，而岩神柱等传说宝可梦往往需要携带特定道具或达到图鉴收集阈值才会出现。合理利用黄金喷雾和增加遭遇概率的道具能显著提升捕捉效率。
水系稀有精灵的分布具有明显地域特征。双子岛海域可钓得海皇牙，13号水域可能出现暴鲤龙和金鱼王，14号水域则栖息着宝石海星和巨钳蟹。冲浪术与高级钓竿是探索水域的必要工具，其中蚊香蝌蚪、角金鱼等基础水系精灵在大部分水域可见，而海刺龙、铁甲贝等进化形态仅限特定海域。水君的出现与初始精灵选择相关，若玩家首选小火龙，则通关后可能在关东地区草丛随机遭遇。
时间机制与版本差异会影响精灵出现概率。昼夜交替系统使部分精灵如咕咕、黑暗鸦仅在夜间出现，而雪拉比等幻兽在特定时间段出现率更高。火红386改版会调整原版精灵分布，例如提升杰尼龟在真新镇草丛的刷新率。官方活动配信限定的精灵如代欧奇西斯，通常需要极光船票前往诞生之岛，这类特殊获取方式需密切关注游戏官方公告。游戏进度同样关键，部分传说宝可梦需通关后才解锁遭遇条件。
