开启二周目冒险的话，首先得完成一周目通关并击败四大天王和冠军。这时候大木博士会主动来找你，如果你的图鉴收集超过60种精灵，他会帮你升级到全国图鉴模式。接下来再去挑战一次四大天王会发现冰系天王科拿不在家，这就意味着二周目的剧情正式开始了。
从枯叶市乘船来到一岛，在精灵中心会遇到一个需要帮助的NPC，他告诉你修复通讯机器需要红宝石和蓝宝石。这时候你需要前往灯火山，在右边会遇到两个火箭队残党，击败他们后进入山洞深处找到红宝石。记得带上会碎岩和冲浪技能的精灵，这些技能在探索过程中必不可少。
拿到红宝石后返回精灵中心交给NPC，他会告诉你还需要一块蓝宝石，并给你彩虹通行证让你可以自由往返七岛。接下来就要去四岛探索了，在那里你会遇到老对手小茂但不会发生战斗。四岛上有科拿的家，在她家右侧的冰洞里可以找到攀瀑技能机，这可是探索新区域的关键道具。
五岛和六岛的探索是寻找蓝宝石的关键。在六岛右侧的洞穴里按顺序走上、左、右、下就能找到蓝宝石，不过刚拿到就会被火箭队抢走。这时候要去五岛的火箭队仓库，用密码打开大门击败里面的干部夺回蓝宝石。最后回到一岛完成通讯机器修复，这样就能解锁更多新内容了。
完成七岛主线后别忘了捕捉三神鸟和超梦这些强力精灵。闪电鸟在无人发电厂，火焰鸟在灯火山顶层，急冻鸟在双子岛深处，而超梦则在华蓝洞窟最底层。建议准备好足够的精灵球和恢复道具，这些神兽可不好对付。二周目整体难度会比一周目高不少，多培养几只主力精灵总是没错的。
