舰队配置的核心在于根据战场环境、敌方舰队构成以及自身战略目标进行动态调整。一套完整的舰队应包含输出、防御、修复、防空和载机五种定位的舰船，同时搭配强力的舰载机。舰载机的数量直接影响防空舰船的配置比例，若敌方舰载机较少，可减少防空型战舰的投入；反之则需增加防空舰船或对空战机的数量。舰船站位分为前、中、后排，防御型舰船通常置于前排吸收伤害，中后排则优先部署高火力单位。需舰船的武器战斗序列决定了攻击优先级，因此需根据敌方主力舰船的类型调整前排防御策略。
资源采集与舰队发展的平衡是前期配置的关键。初期应优先建造工程船舰以保障资源供给，战斗舰船的比例需谨慎控制，避免因战斗损耗导致资源链断裂。护卫舰和驱逐舰是开荒阶段的主力，其中斗牛级、阋神重炮型等舰船性价比突出。工程船的蓝图研究可提升采集效率，而技术值分配需优先强化护甲与输出模块。中后期重氢需求上升时，需调整舰队结构以适应高消耗作战，例如增加巡洋舰或战列巡洋舰的比重。
针对特殊作战区域需采用差异化配置。小行星稀疏区仅允许护卫舰、驱逐舰及中小型工程舰进入，此类区域需侧重高机动与闪避属性的舰船。高能辐射区则限定巡洋舰、战列巡洋舰和航空母舰等大型单位，需依赖重型舰船的火力与耐久优势。若战略目标为快速突袭或拆解敌方设施，可组建高速拆家队，以高攻城属性舰船为核心，利用机动性实施骚扰。
舰队阵型的实际效果受舰船类型与移动速度共同影响。移动速度最慢的舰船将决定整支舰队的行动效率，因此高速舰船与低速舰船混编时需权衡战术需求。主力舰队通常以高防御单位为基础，搭配中后排火力舰船，适合正面推进；而高速输出舰队则侧重包夹战术，通过侧翼突袭绕过敌方前排。增援指令可临时补充高人口舰船，但需注意增援单位的移动速度是否与主队匹配。维修舰船在后期作用有限，建议仅在对抗NPC或低等级城防时编入舰队。
实战中需持续观察战报数据并优化配置。舰船护甲与武器单发伤害的差值直接影响实际输出效率，若武器伤害低于目标护甲值，则需更换高破甲单位或调整技术点分配。离子武器可无视护甲但受护盾减伤影响，因此需针对性强化穿透属性。防空系统的有效性取决于舰船特性，部分舰船仅具备自体防空能力，而光锥级等舰船可提供区域防空支援。
最终配置需结合玩家现有蓝图与技术点储备。稀有舰船如航母或战列巡洋舰并非必需，合理利用驱逐舰与护卫舰的协同效应同样能形成有效战力。技术点重置功能允许重新分配强化方向，但需避免频繁洗点导致资源浪费。舰队强度并非单纯依赖单舰性能，而是通过定位互补与战术配合实现整体优势。
